1980 Se crea la Tercera Junta Revolucionaria de Gobierno

Luego de la salida de Majano el 13 de diciembre de 1980, el gobierno fue conocido como Tercera Junta Revolucionaria de Gobierno, y quedó conformado por un único militar, el coronel Jaime Abdul Gutiérrez Avendaño y los civiles José Napoleón Duarte como nuevo Presidente de la Junta, Antonio Morales Ehrlich y José Ramón Ávalos Navarrete. El gobierno de la nueva Junta continuó la implementación de la reforma
agraria y prometió una real democratización.⁷ Estados Unidos reinicia la ayuda económica.
El 16 de enero de 1980, EEUU presta 20 millones de dólares a El Salvador y luego el 18 de diciembre presta otros $45.5 millones alcanzando el total de ayuda en ese año a $150 millones.
El gobierno logró contener la Ofensiva general de enero de 1981, conocida también como «ofensiva final», la primera de gran magnitud lanzada por el recién fundado FMLN en Octubre 10, de 1980. Aunque la ofensiva fracasó, las fuerzas del FMLN, no fueron aniquiladas y en su mayoría se replegaron a las zonas rurales del país. El FMLN desarticuló sus grupos de masas y fortaleció sus estructuras militares, dando inicio a una prolongada guerra civil, que culminaría con los Acuerdos de Paz de Chapultepec, el 16 de enero de 1992.
En marzo de 1981, la Junta anunció que convocaría comicios para elegir una asamblea constituyente, en el transcurso del año siguiente. El presidente Duarte quiere un diálogo pero no negociaciones con el FDR. Mientras tanto en EEUU, 100,000 estadounidenses protestan en frente del Pentágono en oposición al envolvimiento de EEUU en El Salvador. En junio de 1981, la Asociación Salvadoreña de Jueces declina en de participar en las preparaciones para las elecciones de 1982 debido al continuo terror estatal y el estado de sitio.
El nuevo presidente socialista francés Francois Mitterand expresa su apoyo a la rebelión salvadoreña. El 28 de agosto de 1981, se da una declaración Franco-Mexicana dando reconocimiento oficial a la oposición salvadoreña como fuerza política representativa.⁸
Las elecciones se celebraron el 28 de marzo de 1982. La Asamblea Nacional Constituyente tomó posesión el 2 de mayo de 1982, y eligió como presidente provisional al banquero Álvaro Magaña que sustituyó en el gobierno a la JRG.