1980 Se crea la segunda Junta Revolucionaria de Gobierno

Las negociaciones paralelas del ejército con el sector tradicional del PDC, además, le daban confianza a la institución armada de que no quedarían en el vacío. Dentro del PDC, aunque buena parte de los progresistas habían abandonado el gobierno, otros permanecían en sus puestos (como el procurador Mario Zamora), y eran la mayoría dentro de la Comisión Política. Así, el 9 de enero de 1980,
se anuncia la nueva conformación de la Junta Revolucionaria de Gobierno, conocida como Segunda Junta.
Además de Gutiérrez y Majano, fueron incluidos José Antonio Morales Erlich, del sector tradicional del PDC; Héctor Dada Hirezi, del progresista, quien había ocupado la cartera de Relaciones Exteriores en la Primera Junta, y José Ramón Ávalos Navarrete, un médico desconocido hasta entonces en el ámbito político, que se presentaba como figura independiente.
El 9 de enero de 1980 se conformó la segunda Junta Revolucionaria de Gobierno, con la participación de los dos militares que formaban parte de la anterior, Adolfo Arnoldo Majano, quien fue en este periodo Presidente de la Junta.² Jaime Abdul Gutiérrez también siguió dentro de la Junta junto con los dirigentes políticos Héctor Dada Hirezi y José Antonio Morales Ehrlich (ambos miembros de la Democracia Cristiana) y el médico José Ramón Avalos.
El 22 de enero, los grupos de izquierda crearon la Coordinadora Revolucionaria de Masas, en un primer esfuerzo de unificación. La ultraderecha comenzó a acusar al nuevo gobierno de complacencia hacia las fuerzas de izquierda; el 23 de febrero, un escuadrón de la muerte asesinó al procurador general de la república, Mario Zamora Rivas, miembro destacado del PDC.³
El lunes 3 de marzo, Héctor Dada Hirezi renunció a su cargo dentro de la JRG, incorporándose en su lugar, el líder del PDC, José Napoleón Duarte,⁴ debido a que el Partido Demócrata Cristiano no cumplió un ultimatum de salirse de la Junta, como habían dicho a los militares una semana antes, a partir del 23 de febrero, fecha en la que Mario Zamora, el procurador general fue asesinado. Hirezi se fue al exilio y vivió en México 12 años.
El 8 de marzo de 1980, la JRG, aprobó las esperadas leyes de reforma agraria y de nacionalización de la banca. (Duarte, Duarte: My Story, ISBN 0-399-13202-3 Pag. 114) El día Lunes 24 de ese mismo mes alrededor de las 5 pm, un escuadrón de la muerte, asesinó a Monseñor Óscar Romero. Esa misma semana, el Presidente de la Junta, el Coronel Adolfo Majano, dio declaraciones de prensa afirmando que la Interpol tenía en su poder la lista de sospechosos del asesinato de Romero y que daría ese informe al Juez asignado al caso, el Juez Cuarto de lo Penal Atilio Ramírez Amaya.⁵ El juez sufrió un atentado a su vida, hombres armados llegaron para matarlo a su residencia, debido a que respondió al ataque con arma de fuego logró escapar de la muerte. Nunca la lista de la Interpol llegó a manos del juez, tampoco se le concedió protección especial al ser pedida al entonces Presidente de la Corte Suprema de Justicia. No tuvo más remedio sino irse al exilio a Costa Rica. Más tarde, oficiales del ejército leales a Majano detuvieron al Mayor D'Abuisson por durante una reunión en la que se decomisó información presuntamente relacionada al asesinato de Monseñor, dentro de una agenda del Capitán Álvaro Saravia, bajo el nombre de «Operación Piña».⁶ Sin embargo, el mayor D'abuisson no fue juzgado por el asesinato, ni por traición, ya que se dice que quería dar un golpe de Estado a la Junta, este fue liberado de prisión en mayo de 1980.
El 17 de abril, la Coordinadora Revolucionaria de Masas se unió a otras organizaciones políticas de izquierda para constituir el Frente Democrático Revolucionario (FDR). En agosto de 1980, hubo una convocatoria a huelga general que fue reprimida por el ejército.
Durante los meses siguientes la violencia se desbordó en el país; Los grupos de ultraderecha continuaron actuando sin control. En octubre de 1980, fue asesinado el rector de la Universidad de El Salvador, Félix Ulloa y en noviembre, los principales líderes del FDR, siendo atribuidos los crímenes a la acción de los escuadrones de la muerte. Estos asesinatos radicalizaron a los sectores de izquierda que respondieron acelerando su proceso de unificación: el 10 de octubre las organizaciones armadas de izquierda constituyeron el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional.
En diciembre de 1980, el Coronel Arnoldo Majano, representante de los militares progresistas, renunció a su cargo.